Un nuevo siglo

En el 2001, Michael Jackson celebraba su 30º aniversario como solista con el lanzamiento del álbum Invincible y con un concierto en el Madison Square Garden, celebrado pocos días antes de los ataques del 11 de septiembre. El corto para el sencillo You rock my world contó con la presencia de Marlon Brando y del cómico Chris Tucker. Las ventas del álbum fueron inferiores a las de sus anteriores trabajos y el artista se vio envuelto en una serie de conflictos con su casa de discos, Sony, ya que decidió suspender la promoción del disco a los dos meses de su salida. No obstante, en ese tiempo Invincible había vendido más de cinco millones de copias y entró como número 1 en la lista de ventas de Billboard, habiendo vendido hasta la actualidad nueve millones de unidades. Jackson acusó de racista y mafioso al entonces presidente de Sony Music, Tommy Mottola, cuyo contrato fue rescindido escasos meses después. Jackson canceló una Gira prevista para 2002 y la salida de varios sencillos.

En octubre de ese mismo año 2001, Michael completa su trabajo en el nuevo sencillo para fines benéficos What more can i give, una respuesta a los actos terroristas del 11 de septiembre. Al igual que había hecho años atrás con We are the world, grabó la canción con la participación de varios artistas y con las expectativas de alcanzar una recaudación de cincuenta millones de dólares para las familias de las víctimas de los ataques. Sin embargo, el sencillo no saldría a la venta debido al abandono de Sony por parte de Jackson. En la grabación, de la que también hubo una versión en español, participaron entre otros Mariah Carey, Céline Dion, Tom Petty, Reba McEntire, Ricky Martin, Carlos Santana, Beyoncé Knowles (Destiny's Child), Nick Carter (Backstreet Boys), Aaron Carter, Mya, Luis Miguel, Gloria Estefan, Shawn Stockman (Boyz II Men), Shakira, Usher, Brian McKnight, Julio Iglesias, Luther Vandross, John Secada, Billy Gilman, Alejandro Sanz, Christian Castro, Olga Tañón, Anastacia, Juan Gabriel, Thalía, Ziggy Marley y 3LW.

Al año siguiente, Jackson fue acusado de haber abusado sexualmente de un menor de 14 años, siendo declarado inocente de todos los cargos el 13 de junio de 2005

Posteriormente se trasladó a vivir a Bahréin, invitado por el príncipe Abdul Aha-Jamed. En marzo de 2006 las autoridades ordenaron el cierre de su rancho Neverland. Oficialmente fue debido a atrasos en el pago de salarios debido a problemas burocráticos ya solucionados, aunque también en este caso se difundió la idea de que la policía buscaba pruebas de sus relaciones con menores.

Tras la caída de su popularidad, muchos expertos en música han dado a Jackson escasas posibilidades de recuperar su fama en Estados Unidos, ya debilitada desde el escándalo de 1993, pero Yves Gautier, autor de la biografía Michael Jackson, the other side of the Mirror ("Michael Jackson, el otro lado del espejo") afirma que Jackson continúa teniendo gran cantidad de admiradores leales en Oceanía, Europa, y Asia, donde recientemente se está moviendo por motivos profesionales y financieros. En 2006 recibió un premio de MTV Japan por sus más de cien millones de discos vendidos en el país.

Se ha comentado que el 2008, Jackson publicará un nuevo disco[25] con su propia discográfica, Michael Jackson Company, para lo que el artista se está poniendo en forma con la intención de grabar un videoclip. Dependiendo del éxito de este nuevo trabajo, que podría ser lanzado por Warner Music con la discográfica SONY, podría hacer una gira este mismo año.

En los últimos años ha sacado un recopilatorio de sus mejores veinte singles y videoclips en formato Dual Disc en edición limitada, llamado Visionary - The Video Singles. También recibió el Premio Diamante en los World Music Awards (Londres), donde interpretó We are the world junto a un coro de jóvenes.

Con motivo del 25 aniversario de Thriller, el disco más vendido de la historia, el 11 de febrero de 2008 Michael publica un nuevo trabajo, una edición especial que añade seis canciones inéditas, vídeos y una actuación en directo. La obra sale al mercado bajo el título de Thriller: 25th Anniversary Edition. El álbum Thriller: 25th Anniversary Edition contiene las nueve canciones del álbum original y seis temas inéditos: "The Girl is Mine 2008" con Will.i.am, "P.Y.T. (Pretty Young Thing) 2008" con Will.i.am, "Wanna be Startin' Something 2008" con Akon, "Beat it 2008" con Fergie de Black Eyed Peas, "Billie Jean 2008" una remezcla realizada por Kanye West, y una balada llamada "For all time", no editada en la versión original del álbum y mezclada nuevamente y masterizada por Michael Jackson. El DVD adicional incluye los videoclips de Thriller, Beat it y Billie Jean; además de actuaciones en directo durante el especial Motown 25: Yesterday, Today, Forever de la NBC en 1983. La nueva edición ha vendido en todo el mundo más de 3 millones de copias.

En julio de 2008 comenzó a circular por Internet la canción "Hold my hand", una melodiosa balada soul o rhythm & blues, interpretada por Michael Jackson y Akon, que será incluida en el próximo álbum de Akon, aunque se especula que podría aparecer también en el nuevo álbum de Jackson.

En honor a su cumpleaños número cincuenta, día 29 de agosto de 2008, Jackson publica su álbum recopilatorio titulado King of pop en países como Australia, Austria, Bélgica, Alemania, Hong Kong, Hungría, Japón, Países Bajos, Filipinas y el Reino Unido, para posteriormente ser publicado también en Argentina, Brasil, Chile, Finlandia, Francia, Grecia, Italia, Polonia, Rusia, España, Suecia, Tailandia y Turquía.[28] El recopilatorio King of pop contiene tanto las canciones de Jackson como solista y las de su etapa en The Jackson Five y The Jacksons, pero a diferencia de los anteriores, las canciones del álbum han sido elegidas por los fans, a través de una votación.
En marzo de 2009, anunció su vuelta a los escenarios, con una serie de conciertos en el O2 Arena de Londres. Un total de 10 conciertos que, debido a la demanda del público, han sido aumentados hasta 50. Con la gira "This is it", según Randy Philips, promotor de la gira, llegarán nuevos sencillos del cantante y bailarín.